“บัดนี้ เราได้สลายร่างคุณยายอาจารย์เสร็จเรียบร้อยแล้ว บุญกุศลได้เกิดขึ้นกับเรา ร่างของท่านกลายเป็นมหารัตนอัฐิธาตุ ซึ่งจะต้องนำไปประดิษฐานในสถานที่เหมาะควร คือในสถานที่ที่ท่านให้กำเนิดวัดพระธรรมกาย เราจะสร้างมหาวิหารผู้ให้กำเนิดวัดพระธรรมกายที่นั่น ให้เป็นที่ประดิษฐานมหารัตนอัฐิธาตุ เอาไว้เป็นที่สักการบูชาของมนุษย์และเทวดาทั้งหลาย จะเป็นเครื่องระลึกนึกถึงข้อวัตรปฏิบัติ มโนปณิธานของท่าน ให้เป็นต้นบุญต้นแบบให้ลูกหลานและผู้ที่จะมาในภายหลังได้ประพฤติปฏิบัติสืบไป”
พระเทพญาณมหามุนี (ไชยบูลย์ ธมฺมชโย)
เพื่อเป็นการแสดงความกตัญญูกตเวที และประกาศเกียรติคุณของคุณยายอาจารย์ ที่มีต่อพระพุทธศาสนาและชาวโลกให้ปรากฎสืบไป พระเทพญาณมหามุนี (หลวงพ่อธัมมชโย) จึงมีดำริร่วมกับศิษยานุศิษย์คุณยายอาจารย์และชาวพุทธทั่วโลกที่จะสร้างมหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ให้เป็นที่ประดิษฐานมหารัตนอัฐิธาตุและรูปหล่อทองคำของคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ผู้ให้กำเนิดวัดพระธรรมกาย
มหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง มีพื้นที่ใช้สอย 5,600 ตารางเมตร โครงสร้างอาคารทำจากคอนกรีตผสมพิเศษเสริมเหล็ก รูปทรงของอาคารสร้างเลียนแบบ “ภูเขาทองคำ 6 เหลี่ยม” ของชฎิลเศรษฐีที่มีปรากฏอยู่ในพระไตรปิฎก สูง 29 เมตร ตั้งอยู่ ณ เกาะแก้วกลางน้ำสัณฐานคล้ายรูปใบบัว ด้านหลังพระอุโสถวัดพระธรรมกาย ภายนอกของอาคารภูเขาทองติดตั้งแผ่นสแตนเลสที่เคลือบอนุภาคทองคำแท้ ภายในมหาวิหารนั้นเป็นห้องโถงโล่งเรียบง่าย สะท้อนถึงบุคลิกและอุปนิสัยของคุณยายอาจารย์ คือรักษาสะอาด ความเป็นระเบียบ และรักการปฏิบัติธรรมอย่างที่สุด โดยใช้สแตนเลสเป็นโครงเคร่า และติดตั้งแผ่นฝ้าพลาสวูด พื้นและผนังของโถงสักการะกรุด้วยแผ่นหินอัญมณีสีขาวและเขียวอ่อน พื้นที่วิหารส่วนใหญ่จึงใช้เป็นที่ปฏิบัติธรรม สามารถจุคนได้ถึง 300 คน บรรยากาศภายในวิหารจะเงียบสงบ เหมาะแก่การนั่งสมาธิเจริญภาวนา ภายนอกห้องโถงสักการะปูพื้นด้วยหินแกรนิตที่มีเนื้อหินสม่ำเสมอ และหนาเป็นพิเศษ วัสดุโลหะที่ยึดกับโครงสร้างและที่ใช้ในอาคารทำจากสแตนเลส เพื่อความคงทนและสวยงาม ภายในติดตั้งระบบรักษาความปลอดภัยเป็นพิเศษ
รูปเหมือนทองคำคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง
รูปเหมือนทองคำคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง
รูปหล่อทองคำคุณยายอาจารย์ฯ มีพิธีหล่อขึ้นเมื่อคุณยายอาจารย์มีอายุได้ 90 ปี ส่วนมหารัตนอัฐิธาตุของคุณยายอาจารย์ฯ เป็นอัฐิธาตุจากพิธีสลายร่างคุณยายอาจารย์เมื่อ 3 กุมภาพันธ์ 2545 หลวงพ่อธัมมชโยและศิษยานุศิษย์ได้รวบรวมและอัญเชิญประดิษฐานไว้ที่บ้านแก้วเรือนทองของคุณยายอาจารย์ฯ หรือสถานที่ใช้เป็นโรงเรียนอนุบาลฝันในฝันวิทยา ก่อนจะอัญเชิญมาประดิษฐานไว้ที่มหาวิหารแห่งนี้ ระหว่างพระอุโบสถและมหาวิหาร มีประทีปหอเทียนที่สร้างขึ้นเพื่อตามประทีปบูชาธรรมคุณยายอาจารย์ฯ การก่อสร้างมหาวิหารแห่งนี้เริ่มตั้งแต่วันที่ 14 มีนาคม 2545
ได้มีพิธีตอกเสาเข็มต้นแรก เป็นปฐมฤกษ์ของการสถาปนามหาวิหาร ยกยอดมหาวิหารเมื่อ 10 กันยายน 2546 และได้มีพิธีอัญเชิญรูปหล่อทองคำคุณยายอาจารย์ฯมาประดิษฐานในมหาวิหารเป็นการถาวร นับว่าเป็นการประกาศกิตติศัพท์และจารึกประวัติศาสตร์มหารัตนอุบาสิกาผู้ที่คุณยิ่งแด่พระพุทธศาสนาและวิชชาธรรมกายอย่างเป็นทางการ ให้มนุษย์และเทวดาได้สักการบูชาให้เป็นสิริมงคลต่อตนเองสืบไป ปัจจุบันตั้งแต่วันที่ 27 กรกฎาคม 2554 มหาวิหารคุณยายอาจารย์ได้กลายเป็นที่ปฏิบัติธรรมของคณะพระภิกษุสงฆ์ และสามเณรในวัดพระธรรมกายที่จะมาเจริญสมณธรรมเป็นประจำในทุกๆ วัน
มหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ในยามเย็น
มหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ในยามค่ำ
มหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง
ระหว่างพระอุโบสถและมหาวิหาร มีประทีปหอเทียน
