ศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียว เริ่มต้นขึ้นในวันวิสาขบูชาที่ ๘ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๓๓ เมื่อสมเด็จพระพุทธชินวงศ์และตัวแทนคณะสงฆ์จากวัดพระธรรมกาย โดยพระภาวนาวิริยคุณ พระสมชาย ฐานวุฑฺโฒ (ปัจจุบัน คือพม.ดร.สมชาย ฐานวุฑฺโฒ) และคณะเดินทางมายังประเทศญี่ปุ่น เพื่อมอบพระพุทธรูปปางมารวิชัยให้กับวัดโคคุไคจิ เมืองฮิโรชิมา เพื่อเป็นการเชื่อมสัมพันธไมตรีระหว่างพระพุทธศาสนาไทยและญี่ปุ่น
ด้วยมโนปณิธานของพระราชภาวนาวิสุทธิ์ และคุณยายอาจารย์ มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ที่จะเผยแผ่วิชชาธรรมกายไปทั่วโลก ศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียวจึงได้บังเกิดขึ้น ณ ประเทศญี่ปุ่น ดินแดนอาทิตย์อุทัย
ต่อมา มีพระภิกษุเดินทางมาจำพรรษา เพิ่มขึ้นเป็นจำนวน ๕ รูป จึงได้เช่าอาคาร ๖ ชั้นเพื่อใช้เป็นสถานที่ตั้งศูนย์ปฏิบัติธรรม รองรับผู้ที่มาปฏิบัติธรรมและผู้มาบำเพ็ญบุญ ซึ่งมีจำนวนมากขึ้นเรื่อยๆ ในปี พ.ศ.๒๕๓๔ พระภิกษุรุ่นบุกเบิก เดินทางมาจำพรรษา ณ ประเทศญี่ปุ่น และได้รวมกลุ่มนิสิตนักศึกษามาปฏิบัติธรรมกันทุกเดือนที่หอพักนักศึกษา โซชิกายา กรุงโตเกียว
จนกระทั่งในวันที่ ๕ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๓ ชาวไทยในประเทศญี่ปุ่น ร่วมพิธีเปิดศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียวอย่างเป็นทางการ ณ อาคาร ๖ ชั้น
นับเป็นประวัติศาสตร์แห่งการสร้างบารมีที่โลกต้องจารึกไว้ สำหรับศูนย์ปฏิบัติธรรมแห่งแรก ณ ประเทศญี่ปุ่น และนับเป็นศูนย์ฯสาขาแห่งแรกของวัดพระธรรมกายในทวีปเอเชีย
พระภิกษุทุกรูปต่างตั้งมั่นในศีลาจารวัตรอย่างเคร่งครัดและมุ่งปฏิบัติธรรมเพื่อแสวงหาหนทางพระนิพพาน เพื่อเป็นเนื้อนาบุญอันเลิศให้แก่ชาวไทยและชาวญี่ปุ่น
ศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียวมุ่งเน้นสร้างคนดีให้กับสังคม โดยยึดหลักธรรมของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า และมุ่งเน้นหลักปฏิบัติให้พวกเขาเหล่านั้นได้พบกับความสุขในตัว และเป็นที่พึ่งให้กับตนเองได้
กิจกรรมหลักของศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียว นอกจากนี้ยังได้จัดกิจกรรมต่างๆ เพื่อเพิ่มพูนบุญบารมี ทั้งพิธีกรรมทางศาสนา ซึ่งจะจัดขึ้นตาม วันสำคัญทางศาสนา เช่น วันมาฆบูชา วันวิสาขบูชา พิธีทอดกฐิน รวมถึงกิจกรรมต่างๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับ วัดพระธรรมกาย เช่น การหล่อพระธรรมกายประจำตัว พิธีสร้างหอฉันคุณยายอาจารย์ มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง และพิธีปลูกต้นไม้ เป็นต้น
๑. กิจกรรมวันอาทิตย์ธรรมดา
เวลา ๐๙.๔๕ น. ตักบาตร
เวลา ๑๐.๓๐ น. ถวายสังฆทาน
เวลา ๑๑.๓๐ น. ปฏิบัติธรรม (พร้อมกับ เวลาในประเทศไทย)
๒. พิธีบูชาข้าวพระ ในวันอาทิตย์ต้นเดือน เวลา ๑๑.๓๐ น. พร้อมกับเวลาในประเทศไทย
๓. ช่วงบ่ายวันอาทิตย์ของแต่ละสัปดาห์จะมีการทอดผ้าป่า อุทิศส่วนกุศลให้ญาติที่ล่วงลับ และปล่อยปลา
๔. กิจกรรมทางพระพุทธศาสนา เช่น งานวิสาขบูชา นานาชาติ งานมาฆบูชา และกิจกรรมต่างๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับวัดพระธรรมกาย
๕. การอบรมเยาวชนเป็นประจำทุกปี ได้แก่ การอบรมยุวธรรมทายาท อบรมพระธรรมทายาท อบรมค่ายคุณธรรมหญิงภาคฤดูร้อน
(หมายเหตุ : อบรมยุวธรรมทายาทรุ่นที่ ๓ ระหว่าง วันที่ ๕-๑๒ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๔๗
อบรมค่ายคุณธรรมหญิงระหว่างวันที่ ๑๙-๒๒ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๔๗)
๖. กิจกรรมต่างๆ ตามวันสำคัญ ได้แก่ การจัดธุดงค์ปีใหม่ และการบวชอุบาสก-อุบาสิกาแก้ว งานบุญสงกรานต์
๗. ปฏิบัติธรรมพิเศษของสาธุชน
ศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียวได้เล็งเห็นความสำคัญ ในการเผยแพร่วัฒนธรรมอันดีงามของไทย ให้เด็กไทยในญี่ปุ่นได้เรียนรู้ ปัจจุบันจึงได้เป็นสถานที่แลกเปลี่ยนวัฒนธรรมไทย และวัฒนธรรมญี่ปุ่น รวมถึงเป็นสถานที่รองรับให้กับพระอาคันตุกะ ที่เดินทางไกลมาจากต่างแดน
สถานที่แห่งนี้ เปรียบประดุจร่มโพธิ์ใหญ่ที่ให้ร่มเงากับชาวไทยและชาวญี่ปุ่น ด้วยหลักธรรมคำสอนของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า และได้สร้างสรรค์ผลงานเพื่อสันติภาพของโลกและสันติสุขภายใน
กำหนดการงานบุญศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น
เดือนกรกฎาคม พ.ศ.๒๕๔๗
อาทิตย์ที่ ๔ ก.ค. : อาทิตย์ต้นเดือน บูชาข้าวพระ / ทอดผ้าป่า ถวายจานดาวธรรมพระกัลยาณมิตร ๑๐,๐๐๐ วัด
อาทิตย์ที่ ๑๑ ก.ค. : ภาคบ่าย สาธุชน ร่วมรับบุญพิเศษ แพ็คผ้าไตร เตรียมงานบรรพชาสามเณรยุวฯ รุ่นที่ ๓ อาทิตย์ที่ ๑๘ ก.ค. : ภาคบ่าย สาธุชน ร่วมรับบุญพิเศษ แพ็คเครื่องไทยธรรม เตรียมงานบรรพชาฯ อาทิตย์ที่ ๒๕ ก.ค. : ภาคบ่าย สาธุชน ร่วมรับบุญพิเศษ รีดผ้านุ่งนาค เตรียมงานบรรพชาฯ
เดือนสิงหาคม พ.ศ.๒๕๔๗
อาทิตย์ที่ ๑ ส.ค. : อาทิตย์ต้นเดือน บูชาข้าวพระ / ทอดผ้าป่า ถวายยานพาหนะแก้ว, ถวายเทียนพรรษา
อาทิตย์ที่ ๘ ส.ค. : พิธีบรรพชาสามเณรยุวธรรมทายาท รุ่นที่ ๓ ศูนย์ปฏิบัติธรรมโตเกียว
* ยุวชนชาย อบรม ระหว่าง ๕-๑๒ สิงหาคม
* ยุวชนหญิง อบรม ระหว่าง ๑๙-๒๒ สิงหาคม
