แปรธาตุ ในคำวัดหมายถึงวิธีที่นำกระดูกที่คัดออกจากเถ้าถ่านบนกองฟอนหลังจากเผาศพแล้วมาเรียงเป็นรูปคน โดยหันศรีษะไปทางทิศทางตะวันตกก่อนแล้วเรียงให้หันไปทางทิศตะวันออกอีกครั้ง เรียกวิธีการเช่นนี้ว่า แปรรูป ก็มี แจงรูป ก็มี
แปรธาตุ นิยมนิมนต์พระสงฆ์บังสุกุลด้วย คือเมื่อเรียงกระดูกให้ศีรษะอยู่ทางทิศตะวันตกพระสงฆ์จะบังสุกุลตาย เป็นเคล็ดว่าผู้นี้ได้ตายไปแล้ว เมื่อเรียงกลับใหม่ให้ศีรษะอยู่ทางตะวันออกพระสงฆ์จะบังสุกุลเป็น เป็นเคล็ดว่าผู้นี้จะได้ไปเกิดใหม่
แปรธาตุ ในทางโลกหมายถึงทำให้ธาตุหนึ่งกลายเป็นอีกธาตุหนึ่ง เช่นหุงปรอท เป็นต้น จนเกิดสำนวนว่า “ เล่นแร่แปรธาตุ”