คำว่า เจ้าคณะ เป็นชื่อตำแหน่งทางการปกครองของคณะสงฆ์ และเป็นคำเรียกพระภิกษุผู้ดำรงตำแหน่งนั้นๆ
เจ้าคณะในปัจจุบันมี ๕ ระดับ คือ
ระดับตำบล เรียกว่า เจ้าคณะตำบล
ระดับอำเภอ เรียกว่า เจ้าคณะอำเภอ
ระดับจังหวัด เรียกว่า เจ้าคณะจังหวัด
ระดับภาค เรียกว่า เจ้าคณะภาค
ระดับหน เรียกว่า เจ้าคณะใหญ่
พระภิกษุผู้ทำหน้าที่ปกครองสงฆ์ในวัดไม่จัดเป็นเจ้าคณะ แต่เรียกว่า เจ้าอาวาส
ภิกษุผู้ดำรงตำแหน่งทั้งหมดนี้จัดเป็นพระสังฆาธิการ คือผู้เป็นใหญ่ในสงฆ์ หรือผู้บริหารการคณะสงฆ์